Odpowiednio zbilansowana dieta w chorobie Hashimoto to podstawa. Przede wszystkim powinna być silnie przeciwzapalna oraz zawierać selen, jod, cynk, żelazo, witaminę D, witaminę B12, jak również składniki przeciwutleniające oraz niezbędne nienasycone kwasy tłuszczowe (głównie omega-3).